Vláda Suverénního řádu maltézských rytířů má podobnou strukturu jako státní vlády. Zahrnuje však také specifické rysy spojené s jeho povahou jako laického náboženského řádu, stejně jako zvláštní terminologii vycházející z devíti staletí řádových dějin.

Hlavou Maltézského řádu je doživotně volený velmistr, který je jak suverénem Řádu, tak nejvyšším řádovým představeným a je nápomocen Svrchované radě, které předsedá.

Svrchovaná rada je volena na dobu pěti let a je složena z velkokomtura (nadřízeného řeholních členů Řádu); velkokancléře (ministr zahraničních věcí a ministr vnitra); velkošpitálníka (ministr pro humanitární záležitosti a mezinárodní spolupráci) a receptora společného pokladu (ministr financí) spolu se šesti dalšími členy, všemi zvolenými Generální kapitulou.

Ačkoli tyto tituly odrážejí staletí tradice, jsou to také role, které jsou v souladu s potřebami 21. století. Svým jedinečným charakterem jako suverénní a humanitární instituce Suverénní řád maltézských rytířů pod vedením své vlády neustále zasahuje do nových oblastí a reaguje na žádosti o humanitární pomoc.

Prostřednictvím svých diplomatických misí řídí vláda Suverénního řádu maltézských rytířů vytváření nových dohod o spolupráci s ostatními státy v oblasti zdravotnictví a humanitární pomoci.

Systém vlády Suverénního řádu maltézských rytířů se dělí do tří mocí: moc zákonodárná v neústavních záležitostech náleží velmistru a Svrchované radě; spolu s Generální kapitulou – která je zastupujícím orgánem členů Řádu – jim pak náleží moc zákonodárná v ústavních záležitostech. Moc výkonná spočívá v rukou Svrchované rady a moc soudní se nachází v rukou řádových soudů.