Založení Řádu sv. Jana se datuje přibližně do roku 1048. V té době získali obchodníci ze starobylé námořní republiky Amalfi od egyptského chalífy právo vybudovat kostel, konvent a nemocnici v Jeruzalémě, kde by se starali o poutníky bez ohledu na rasu a vyznání.

Řád sv. Jana z Jeruzaléma – mnišská komunita, která provozovala xenodochium (nemocnici) – se stala nezávislou pod vedením svého zakladatele, blahoslaveného Gerarda. Papež Paschl II. schválil založení nemocnice papežskou bulou 15. února 1113. V téže bule ji vzal pod ochranu církve a udělil Řádu právo volit si svého představeného bez vnějšího vměšování světské nebo duchovní autority. Papežskou bulou získalo špitální společenství statut řeholního laického řádu. Rytíři byli řeholníky, kteří složili všechny tři sliby mnichů – sliby chudoby, čistoty a poslušnosti.

Po založení Jeruzalémského království přibyl Řádu úkol zajistit vojenskou obranu nemocných a poutníků, jakož i ochranu svých nemocnic a nejdůležitějších cest království. Vedle špitálního posláni, Řád připojil ke svým úkolům i obranu víry a poutníků. Řád v těchto časech začal používat osmihrotý bílý kříž, který zůstal součástí jeho symbolů až do dnešních dnů.

Po pádu Akkonu v roce 1291 a ztrátě Svaté země, přeložil Řád sv. Jana své sídlo a špitál do města Limassol na ostrově Kypr. Na Kypru byl Řád přítomen již od roku 1210, kdy mu zde byly uděleny významné majetky, privilegia a obchodní práva.

I zde, věrný své špitálnické tradici, zřídil mnohé nové nemocnice. Řád využil strategickou polohu Kypru a vybudoval velkou flotilu vojenských lodí, která ochraňovala poutníky směřující do Svaté země. V tomto období vstupovalo do Řádu čím dál více nových rytířů, čímž Řád sílil. Nová území a majetková práva získal Řád na Kypru zejména na pobřeží Středozemního moře. K nejvýznamnějším akvizicím patřily přístav Famagusta, město Nikósie a množství komend.

Vzhledem k rostoucí nestabilitě na Kypru, která vedla k omezení expanze Řádu na ostrově, začali rytíři za vhodnější základnu pro své aktivity považovat ostrov Rhodos, kam nakonec i přesídlili. Na Kypru zůstali místodržící jako správci převorství a komend (kterých bylo v roce 1374 více než 60) ještě další století, až do poloviny patnáctého století, když byli rytíři staženi do hlavního konventu na Rhodos.

V roce 1307 přistála flotila s rytíři Řádu sv. Jana pod vedením velmistra Fra’ Foulquese de Villaret na ostrově Rhodos. Po úplném převzetí ostrova v roce 1310 sem rytíři přenesli své hlavní sídlo. Ostrov skýtal vynikající přírodní podmínky pro zřízení přístavů a byl také důležitý svojí strategickou polohou mezi křesťanským a muslimským světem.
Ochrana křesťanského světa vyžadovala mohutnou námořní sílu. Proto Řád vybudoval silnou flotilu, se kterou brázdil východní část Středozemního moře a se kterou vyhrál mnoho slavných bitev.

Díky papežskému dekretu získal Řád nezávislost, právo mít vlastní vojenské síly a jmenovat velvyslance. Tato oprávnění vytvořila předpoklad pro to, aby Řád získal mezinárodní suverenitu.
Od počátku 14. století byly instituce Řádu a rytíři, kteří přicházeli na Rhodos, rozdělení podle svých rodných jazyků. Původně měl Řád sedm jazykových skupin (Jazyků): Provence, Auvergne, Francie, Itálie, Aragonie (Navarra), Anglie (se Skotskem a Irskem) a Německo (pod tento Jazyk spadaly také mimo jiné české země), a později přibyl osmý Jazyk: Kastilie a Portugalsko. Každý Jazyk měl své převorství nebo velkopřevorství, bailivství a komendy.

Řádu vládl velmistr (rhodský kníže) spolu s Radou. Řád razil své vlastní mince a udržoval diplomatické styky s jinými státy. Vyšší pozice v Řádu byly udělovány zástupcům různých Jazyků. Sídlo Řádu, Konvent, tvořili řeholní členové z různých národností.

Po šest měsících dlouhém obléhání a tvrdých bojích proti flotile a armádě sultána Sulejmana Nádherného byli rytíři v roce 1523 donuceni kapitulovat a s vojenskými poctami opustit Rhodos.

Po ztrátě Rhodu zůstal Řád několik let bez vlastního území. Avšak již v roce 1530 udělil císař Karel V. Řádu v léno ostrov Maltu. Po schválení této donace papežem Klementem VII. přistála na Maltě flotila s rytíři v čele s velmistrem Fra’ Philippem de Villiers de l’Isle Adam a formálně převzali ostrov do správy Řádu. Řád se však musel zavázat, že se nebude vojensky angažovat v případě sporů mezi křesťanskými státy, a že si zachová neutralitu.

V roce 1565 Turci oblehli Maltu. Grand Siege (Velké obléhání) trvalo tři měsíce. Rytíři vedení velmistrem Fra’ Jeanem de la Vallette se nakonec ubránili.
Po tomto vítězství nastala na Maltě velká stavební činnost. Bylo založeno nové město a nový přístav. Město dostalo název La Valetta, po svém zakladateli, velmistru de la Vallette. Na ostrově byly postaveny mnohé paláce, kostely i nový rozsáhlý pevnostní systém. Rozkvetlo mecenášství umění a architektury. Na ostrově byl založen nový velký špitál, který patřil k nejlépe organizovaným a nejefektivnějším v tehdejším světě. Řád založil školu anatomie a zakrátko na to medicínskou fakultu. Řád se zasloužil o významný přínos obzvlášť v oboru oftalmologie a farmakologie.
Přitom Řád rozvíjel i svou vojenskou složku. Flotila Maltézského řádu se po staletí účastnila mnoha bitev ve Středozemním moři – zejména proti turecké flotile a pirátům.

Řádová flotila se zúčastnila námořní bitvy u Lepanta, čímž přispěla k vítězství spojené flotily křesťanských států a zabránila pronikání Osmanské říše do Evropy.

O dvě stě let později, během egyptské kampaně v roce 1798, Napoleon obsadil Maltu kvůli její strategické poloze. Protože Řadový zákon zakazoval rytířům povstat se zbraní v ruce proti jiným křesťanům, rytíři byli donucen opustit ostrov. Smlouva z Amiens podepsána v roce 1802, podle níž se měla obnovit vláda Řádu nad Maltou, se však nikdy nenaplnila.

Poté, co Řád našel dočasné útočiště v Messině, později v Catanii a Ferraře, usídlil se v roce 1834 definitivně v Římě. Zde vlastní Magistrální palác a na Aventignském vršku Magistrálí vilu, kterým je udělen status a privilegia exteritoriálních území.

Od druhé poloviny 19.století se hlavním posláním Řádu znovu stalo špitálnictví. Naplňování tohoto poslání se rozvinulo a rozšířilo do celého světa během posledního století zejména díky úsilí velkopřevorství a národních asociací. Poskytování špitálnických a charitativních aktivit Řád zesílil během první a zejména druhé světové války za dob velmistra Ludovica Chigi Albani della Rovere (1931-1951).

Expanze řádových aktivit, jak je známe dnes, se postupně udála během vlády velmistrů Fra‘ Angela de Mojana di Cologna (1962-1988) a Fra‘ Andrewe Bertieho (1988-2008).

Pro více informací o současných aktivitách Řádu ve světě prosíme navštivte sekci Činnosti Řádu ve světě“.