Od založení před 960 lety bylo používáno pro pojmenování Řádu a jeho členů mnoho různých jmen.

To je způsobeno jednak velmi dlouhou dobou, po kterou Řád působí, ale částečně také proto, že rytíři byli často nuceni opustit země, ve kterých předtím hráli vůdčí roli.

Oficiální název Řádu je v současné době Suverénní vojenský hospitální řád sv. Jana v Jeruzalémě, na Rhodu a na Maltě.

Pro právní, diplomatické a komunikační účely jsou často používány i různé zkratky názvu – Suverénní vojenský maltézský řád, Suverénní maltézský řád nebo Maltézský řád.

Rytíři byli zpočátku nazýváni rytíři špitálníci (nebo jen špitálníci), což popisuje jejich poslání. Ale byli také nazýváni rytíři svatého Jana (v Jeruzalémě) podle patrona Řádu sv. Jana Křtitele a také podle Jeruzaléma, a to kvůli jejich přítomnosti ve Svaté zemi.

Po dobytí ostrova Rhodos v roce 1310 se stali rytíři z Rhodu (či Rhodští rytíři). V roce 1530 císař Karel V. postoupil rytířům Maltu. Od té doby jsou členové řádu obecně nazýváni Maltézští rytíři.

K ochraně tohoto dědictví Maltézský řád právně zaregistroval 16 verzí svých jmen a emblémů v 100 zemích.